공장 창고 토지 거래비용
계약서에 도장 찍기 전날, 한 사장님이 전화를 주셨습니다. “매매가 6억이면 수수료만 준비하면 되죠?”라고요. 그런데 막상 계산을 펼치니 취득세, 등기세, 부가세 가능성까지 줄줄이 등장합니다. 금액이 큰 공장·창고·토지 거래일수록 ‘누가, 무엇을, 언제’ 부담하는지 미리 정리해 두면 난감한 상황이 줄어듭니다.
거래비용 흐름(매매 기준) 한눈에 보기
- 계약 전: 중개보수 요율 협의, 부가세 과세 여부 확인
- 잔금 전후: 취득세 신고·납부, 소유권 이전등기 준비
- 등기 단계: 등록면허세 및 지방교육세 등 납부, 법무사 비용 정산
- 사후 정산: 공과금·관리비·임대보증금 승계 여부까지 마무리
🧾 1) 취득세: ‘주택’이 아니면 기본이 다릅니다
공장·창고·토지는 보통 ‘주택 외 부동산’에 해당합니다. 지방세법은 표준세율에서 “그 밖의 원인으로 인한 취득” 중 농지 외의 것은 1천분의 40(4%), 농지는 1천분의 30(3%)을 규정하고 있습니다.
다만 취득 유형(상속, 증여, 원시취득 등)이나 물건 성격, 중과 여부에 따라 달라질 수 있으니, 내 케이스가 어느 항목인지부터 확인하는 습관이 안전합니다.
✅ 취득세 체크포인트
- 과세표준: 통상 취득 당시 가액 기준(다운계약 등은 리스크)
- 농지/임야/대지/공장부지 등 지목·용도에 따라 적용항목이 달라질 수 있음
- 취득일(잔금일·등기일 등) 기준으로 신고·납부 일정이 촉박해질 수 있음
- 법인 취득, 수도권 중과, 특정 용도(고급오락장 등) 해당 여부는 별도 검토 필요(해당될 때만 세무 전문가 확인)
🏛️ 2) 등기비용: 등록면허세 + (지방교육세 등)로 묶어서 보세요
많이들 놓치는 게 ‘등기 쪽 세금’입니다. 소유권 이전등기(유상)는 부동산 가액의 2% 세율이 안내되며, 보존등기는 0.8%로 안내됩니다.
또 등록면허세에는 지방교육세가 별도로 붙을 수 있는데, 지자체 안내로는 등록면허세액의 20%를 지방교육세로 부과한다고 안내합니다.
✅ 등기비용 체크포인트
- “취득세만 내면 끝”이 아니라 등기 단계에서도 세금이 발생
- 법무사 대행 여부에 따라 수수료(보수)와 부대비용이 달라짐
- 채권매입, 각종 증지·수수료 등은 물건/지역/업무 방식에 따라 변동
- 등기 지연 시 잔금일 이후 책임(지연손해금·담보 설정 등)까지 특약으로 정리
🤝 3) 중개보수: 공장·창고·토지는 ‘협의’이지만 상한이 있습니다
주택 외 중개대상물(공장, 창고, 토지 등)은 원칙적으로 거래금액의 0.9% 이내에서 의뢰인과 개업공인중개사가 협의해 결정합니다. 즉 “무조건 0.9%”가 아니라 “최대 0.9%”입니다.
임대차에서 월차임이 있을 때 거래금액을 계산하는 방식도 규정돼 있는데, 보증금에 월차임×100(일부 예외는 ×70)을 합산해 거래금액을 잡도록 되어 있습니다.
예를 들어 보증금 3,000만원 + 월세 300만원이면 거래금액은 3,000만원 + (300만원×100)처럼 계산 규정이 적용될 수 있어, “월세만 보고 수수료를 계산”하면 오해가 생깁니다.
✅ 중개보수 체크포인트
- 매도·매수(또는 임대·임차) 쌍방 각각 부담이 원칙
- 계약서/중개대상물 확인·설명서에 ‘요율’과 ‘산정 거래금액’이 명확히 적혔는지 확인
- 특약으로 “누가 부담”을 바꿀 때는 분쟁 대비 문구를 깔끔히 남기기
💸 4) 부가세(VAT): 토지는 면세, 건물은 상황에 따라 달라집니다
가장 많이 헷갈리는 부분입니다. 부가가치세법은 ‘토지’를 면세 대상으로 명시하고 있습니다.
반면 건물은 매도인이 과세사업에 사용하던 사업용 자산을 매각하는 경우 재화의 공급으로 보아 세금계산서 교부(부가세 과세)가 필요하다는 국세청 질의회신 취지의 안내가 있습니다.
따라서 “토지+건물 일괄 거래”라면 계약서에서 토지분/건물분 금액 구분, 부가세 포함·별도, 세금계산서 발행 주체를 명확히 적어야 합니다. 매도인이 사업자라면 실무가 더 복잡해질 수 있습니다.
✅ 부가세 체크포인트
- 토지분은 원칙적으로 부가세 면세
- 건물분은 매도인의 과세/면세 사업자 여부, 사용용도에 따라 과세 여부가 달라질 수 있어 사전 확인이 중요
- “부가세 별도” 문구만 두고 금액 구분이 없으면 추후 분쟁 소지가 커짐
🧑⚖️ 5) 법무비(법무사 비용): 정찰제가 아니라 ‘견적’입니다
법무사 보수는 업무범위(이전등기만, 근저당 설정/말소 포함, 법인등기 동시 진행 등)에 따라 달라집니다. 그래서 거래비용 표를 만들 때는 “법무비”를 고정값으로 단정하지 말고, 최소 2~3곳 견적을 받아 평균값으로 예산을 잡는 방식이 실무적입니다. 비용을 줄이려다 서류 누락으로 등기가 지연되면, 오히려 더 큰 비용이 생길 수 있어요.
계약서에 꼭 남길 특약 체크리스트
- 토지분/건물분 거래가액 분리 기재(부가세 판단의 출발점)
- 부가세 포함/별도 및 세금계산서 발행 주체·시기
- 중개보수 요율, 산정 기준(거래금액), 지급 시점
- 등기비용(등록면허세·지방교육세·채권매입 등) 부담 주체
- 잔금일 전후 비용 정산 방식(관리비, 공과금, 임대보증금 승계 등)
자주 묻는 질문(FAQ)과 답변
Q1. 토지만 사면 부가세는 무조건 없나요?
A. 토지는 부가가치세 면세 대상으로 법에 명시되어 있어 원칙적으로 토지 공급 자체에는 부가세가 붙지 않습니다.
Q2. 공장/창고 매매 중개보수는 항상 0.9%인가요?
A. 주택 외 중개대상물은 거래금액의 0.9% 이내에서 ‘협의’가 원칙입니다. 계약 전에 요율과 산정근거를 문서로 확인하세요.
Q3. 등기 쪽 세금은 어떤 게 핵심인가요?
A. 소유권 이전등기(유상) 등록면허세 세율(2% 안내)과 지방교육세(등록면허세액의 20% 안내)를 함께 묶어 예산을 잡는 게 핵심입니다.
한 줄 정리
공장·창고·토지 거래비용은 취득세(표준세율부터 확인), 등기비용(등록면허세+지방교육세 등), 중개보수(최대 0.9% 협의), 부가세(토지 면세·건물은 상황별), 법무비(견적) 다섯 줄로 쪼개서 계약서에 “누가 부담하는지”까지 적어두면 가장 안전합니다.